统一北方后，曹操首要的任务就是稳定局势，加强自己的统治。
建安十三年（公元208年）夏季，六月，朝廷撤除三公的职位，重新设置丞相、御史大夫。癸巳（初九），任命曹操为丞相。曹操委任冀州别驾、从事崔琰为丞相西曹掾，司空东曹掾陈留人毛为丞相东曹掾，元城县县令河内人司马朗为主簿，他弟弟司马懿为文学掾，冀州主簿卢毓为法曹议令史。卢毓是卢植的儿子。
崔琰与毛一起负责官员的选拔、任免事务，他们所选用的都是清廉正直的人士。虽然当时名望很高，但品行不佳的人，始终不能获得任用。他们选拔敦厚务实的人才，排斥只会空谈的浮华虚伪之人；进用谦虚和睦的长者，压抑结党营私的小人。因此，天下的士大夫无不以清廉的节操来勉励自己，即便是高官庞臣，车辆、衣服的形式，也不敢超越制度。以至高级官员回家时，蓬头垢面，衣服破烂，独自乘坐柴车；文武官员入府办公时，穿着朝服，徒步从家中走到官署。身居高位的官员都如此廉洁，民间的风俗也随之改变。曹操知道后，叹息说：“像这样任用人才，使天下人都自我控制，我还有什么可做的呢！
司马懿自小聪明通达，有雄才大略。崔琰对他哥哥司马朗说：“你弟弟聪明机智，遇事果断，是个杰出的人才，你比不上他！”曹操听说后，征聘司马懿为僚属，司马懿借口患有风湿病而加以推辞。曹操大怒，想要逮捕他，司马懿畏惧，才接受了职务。
曹操派张辽驻守长社，临出发时，军中有人造反，乘夜在营中放火，全军都惊恐不定。张辽对左右说：“不要乱动！这不是全营的人都想造反，只是少数叛乱分子制造混乱，想扰乱军心。”就下令说：“凡没有参与叛乱的，都坐在那里不动。”张辽率领数十名亲兵在营的中央站定，过了一会，全军都安定下来，随即捉到主谋的人，将他们处死。
张辽在长社，于禁驻军颍阴，乐进驻军阳翟，三个将领都意气用事，互不配合。曹操派司空主簿赵俨同时参预三支部队的军务，遇到事情，就从中调解开导，使他们关系逐渐和睦。
起初，前将军马腾与镇西将军韩遂结拜为异姓兄弟，但后来由于部属间相互闹摩擦，关系逐渐恶化，进而成为仇敌。朝廷派司隶校尉钟繇、凉州刺史韦端来调解他们的矛盾，征召马腾驻军槐里。曹操准备远征荆州，派张既劝说马腾，建议他放弃军权，到朝廷担任官职。马腾表示同意，但是后来又犹豫不决。张既恐怕马腾改变主意，就下令沿途各县准备粮草等物资，以供马腾路上需要，又命令各郡太守都到郊外去迎送，马腾不得已，只好启程向东进发。曹操上表推荐马腾担任卫尉，任命他儿子马超为偏将军，继续统领马腾的部队，把马腾的家属全都迁到邺城。
稳定北方后曹操就把矛头对准了荆州的刘表。
建安十三年（公元208年）秋季，七月，曹操出军南征刘表（刘表已病死）。
起初，刘表有两个儿子，刘琦与刘琮。刘表把后妻蔡氏的侄女嫁给刘琮，蔡氏就喜爱刘琮而厌恶刘琦。蔡氏的弟弟蔡瑁与刘表的外甥张允都是刘表的亲信，他们经常称赞刘琮，诋毁刘琦。刘琦心中不安，就与诸葛亮商议保护自己的对策，但诸葛亮不回答。后来，刘琦与诸葛亮一起登上高楼，命令左右把梯子撤开，对诸葛亮说：“如今上不着天，下不着地，话从你嘴里说出，只进入我一个人的耳中，可以说了吗？”诸葛亮说：“你难道不记得，春秋时晋国的太子申生在国中遭到危险，而他弟弟重耳在外流亡却终获平安的事情？”刘琦领悟了诸葛亮的意思，暗中策划从刘表身边离开。正好黄祖被孙权杀死，刘琦就请求接替黄祖的职务。刘表于是委任刘琦为江夏郡太守。不久，刘表病重，刘琦从江夏回襄阳来探视。蔡瑁、张允恐怕他与刘表相见，触动父子感情，刘表可能会立刘琦为继承人，于是就对刘琦说：“将军委派你镇守江夏，责任十分重大。如今你擅离职守，父亲见到你一定会生气。伤害亲人的感情，增重他的病势，不是孝顺之道。”他们把刘琦关到门外，不许他与刘表见面，刘琦只好流着眼泪离开。刘表去世后，蔡瑁、张允等就拥立刘琮继任荆州牧。刘琦大怒，把印信扔到地上，准备借奔丧的名义起兵讨伐方琮。正在这时，曹操大军已南下荆州，刘琦就投奔江南。
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